Ý nghĩa của bộ phim
Những cách hiểu khác nhau
Kịch bản phim được dựa theo cuốn bán tiểu thuyết dưới dạng bán tự truyện cùng tên của tác giả Nosaka Akiyuki, ông đã mất một người chị vì thiếu ăn vào giai đoạn chiến tranh năm 1945 ở Nhật Bản. Tác giả luôn cho rằng mình phải chịu trách nhiệm về cái chết đó và ông viết cuốn tiểu thuyết như để đền bù cho chị mình và cũng để giúp ông chấp nhận bi kịch của quá khứ.
Vì bộ phim chứa đựng rất nhiều những hình vẽ và sự mô tả rất xúc động những hậu quả khủng khiếp của chiến tranh đối với xã hội và từng cá nhân trong đó, nhiều nhà phê bình đã coi Mộ đom đóm là một bộ phim phản chiến. Bộ phim cũng cung cấp cho người xem một cái nhìn từ bên trong về văn hóa Nhật Bản khi tập trung vào miêu tả bi kịch của con người bởi chiến tranh hơn là tìm cách ca ngợi những hành động anh hùng.
Một cách nhìn khác về Mộ đom đóm cho rằng bộ phim miêu tả sự nguy hiểm khi con người đặt lòng tự trọng của họ cao hơn lý trí. Cách hiểu đặc biệt này được chính đạo diễn Takahata nói tới trong một cuộc phỏng vấn ông cho lần phát hành DVD của bộ phim năm 2002. Ông đã bày tỏ sự ngạc nhiên của mình trước sự cảm thông của khán giả với Seita thay vì nhận ra rằng chính hành động của cậu bé đã dẫn tới cái chết của em gái mình. Nhân vật thể hiện hình ảnh của nhà văn Nosaka, cậu bé Seita phải đối diện với một lựa chọn quyết định (khi cậu rời khỏi nhà của bà dì và khi người nông dân từ chối nhận cậu), đó là hoặc ở lại với người dì độc ác, làm việc và đối diện với sự thật, hoặc là chạy trốn. Cuối cùng Seita đã lựa chọn lòng kiêu hãnh thay vì lý trí, và số phận của cậu cũng như của Setsuko chính là kết quả của lựa chọn đó khi hai anh em trốn khỏi nhà bà dì xấu xa. Nếu ở lại, gần như chắc chắn hai anh em sẽ sống sót. Hơn nữa, đã có những ý kiến cho rằng nếu như bộ phim thực sự dựa vào cuốn tiểu thuyết (vốn là một lời xin lỗi cá nhân của tác giả với em gái mình) thì rõ ràng là rất khó để coi Mộ đom đóm là một bộ phim phản chiến thực sự.
Khái quát hơn, vì rằng những vết thương của Seita là do chính cậu gây nên, và nó cũng dẫn tới cái chết của Setsuko, nên có thể hiểu rằng đó là sự chỉ trích tới sự tham gia của Nhật Bản trong Chiến tranh thế giới 2: Lòng kiêu hãnh của người Nhật đã làm đất nước Nhật Bản thiệt hại nặng nề.
Tựa đề của bộ phim
Trong tiếng Nhật, danh từ không thay đổi khi ở dạng số nhiều, vì vậy hotaru có thể hiểu là một con đom đóm hoặc nhiều con đom đóm. Seita và Setsuko bắt được rất nhiều đom đóm và dùng chúng để thắp sáng cho cái hầm trú ẩn nơi hai đứa bé sống. Ngày hôm sau, Setsuko đào một ngôi mộ cho tất cả lũ đom đóm và hỏi Seita "Tại sao lũ đom đóm phải chết sớm vậy?" vì vậy tựa phim có thể dùng là Mộ đom đóm với đom đóm ở số nhiều.
Theo một cách hiểu khác, con đom đóm có thể cũng là để chỉ Setsuko vốn cũng chết rất sớm. Nếu như vậy tựa phim có thể là Mộ đom đóm với đom đóm ở số ít.
Trong tựa đề tiếng Nhật của phim từ hotaru (đom đóm) không được viết như thông thường với một chữ kanji 蛍 mà với hai chữ kanji 火 (hi, lửa) và 垂 (tareru, rủ xuống, với nghĩa một giọt nước chuẩn bị rơi khỏi chiếc lá). Điều này có thể gợi lên hình ảnh của những con đom đóm như là những đốm lửa nhỏ. Vài người cho rằng nó gợi tới senkō hanabi, một đốm pháo hoa (xuất hiện khi ta đốt những que pháo hoa và vung vẩy chúng). Cách hiểu này cũng rất đáng chú ý vì những que pháo hoa chỉ đốt được lâu nếu chúng ta giữ yên chúng còn nếu không chúng sẽ tàn rất nhanh, một sự ẩn dụ tới sự mong manh của cuộc sống. Senkō hanabi cũng gợi tới hình ảnh của gia đình, vì một phong tục truyền thống của Nhật Bản vào mùa hè là cả gia đình quây quần để thưởng thức pháo hoa. Nói chung thì pháo hoa tượng trưng cho cuộc sống sớm nở tối tàn như những con đom đóm. Ngắm đom đóm cũng lại là một truyền thống gia đình khác của Nhật Bản. Khi tổng hợp tất cả những ý kiến trên, có thể thấy tựa phim vừa gợi nên tình anh em gắn bó giữa Seita và Setsuko, đồng thời cũng nhấn mạnh sự cô đơn của hai đứa trẻ thiếu vắng cha mẹ.
Ngoài ra, cặp chữ kanji này cũng có thể là một phép ẩn dụ để nói tới những cuộc oanh tạc bằng bom gây cháy của không quân Đồng minh. Có giai thoại kể lại rằng trong thời gian chiến tranh đôi khi người Nhật gọi những quả bom gây cháy đang được thả xuống đất nước họ là những con đom đóm.
Ý nghĩa riêng của hình ảnh những com đom đóm
Bản thân hình ảnh những con đom đóm cũng mang nhiều ý nghĩa riêng:

• Để chỉ chính những con đom đóm (đã chết và được Setsuko mai táng)
  
• Để chỉ hai đứa trẻ đều phải chết sớm, đặc biệt là Setsuko
  
• Để chỉ những phi công cảm tử Thần phong (Kamikaze): Setsuko đã nói rằng chiếc máy bay cảm tử Thần phong trông giống những con đom đóm
  
• Để chỉ những quả bom gây cháy
  

Những con đom đóm cũng là biểu tượng của những linh hồn người đã khuất (Hitodama) vốn được mô tả như những đốm lửa lập lòe trôi nổi. Một loài đom đóm ở phía Tây Nhật Bản được gọi là Heike Hotaru vì mọi người tin rằng những ánh sáng lập lòe của chúng ở gần những con sông và hồ chính là linh hồn của gia đình Heike đã bỏ mạng trong trận thủy chiến nổi tiếng ở Dan-no-ura.
Quá trình sản xuất
Những nhà sản xuất đã chọn hai đứa trẻ ở tầm tuổi của Seita và Setsuko để lồng tiếng cho phim, tuy nhiên sau đó họ mới nhận ra rằng đứa trẻ lồng tiếng cho Setsuko còn quá nhỏ. Vì vậy thay cho việc hoàn thành phần hình ảnh trước và lồng tiếng cho Setsuko như với mọi nhân vật khác, nhà sản xuất đã thu âm cho giọng của Setsuko trước khi vẽ hình. Những họa sĩ thực hiện chưa quen với việc này vì thế mà người xem rất khó nhận ra được môi của Setsuko.